De arbeidsproductiviteit in het MKB is laag in vergelijking met grote bedrijven. Econometrische analyse wijst uit dat kleine, middelgrote en grote bedrijven een verschillende afweging moeten maken tussen gebruik van arbeid en van kapitaal. In deze afweging blijken kleine bedrijven de keuze te maken voor een lage kapitaal/arbeid-verhouding. Dat verklaart het grootste deel van de arbeidsproductiviteitverschillen tussen MKB en grootbedrijf. In de periode 1993-2009 is de ontwikkeling van de arbeidsproductiviteit in het MKB achtergebleven bij die in het grootbedrijf. Deels is dat toe te schrijven aan incidentele factoren; structureel is wel sprake van een achterblijvende arbeidsproductiviteitsgroei in het kleinbedrijf. Dat blijkt vooral het gevolg te zijn van een daling van de gemiddelde ondernemingsgrootte in het kleinbedrijf. Hierdoor neemt het aandeel van vaste arbeid - arbeid die niet direct aan de productie bijdraagt - in de totale werkgelegenheid toe, wat een negatief effect heeft op de arbeidsproductiviteit. Aan de andere kant is de invloed van technische vooruitgang in het MKB veelal relatief hoog.