De economische crisis heeft een negatieve weerslag op de innovativiteit in het midden- en kleinbedrijf (MKB). Onderzoeksbureau EIM uit Zoetermeer meet al sinds 1999 innovatie in het MKB. Het aandeel innovatieve bedrijven is sinds 2007 in rap tempo gedaald. In 2011 heeft het aandeel het laagste niveau bereikt in de afgelopen dertien jaar.

Er is vooral sprake van een daling van het aandeel bedrijven dat samenwerkt om vernieuwingen te ontwikkelen. Ook houden zich minder medewerkers specifiek bezig met innovatie. Het gebruik van externe kennisnetwerken is daarentegen redelijk stabiel.

De economische ontwikkeling blijkt van invloed op de innovatiekracht van ondernemers. In tijden waarin de economische groei tegenvalt, zijn ondernemers duidelijk minder bereid tot investeren in innovatie. De daling van innovatieve activiteiten is het sterktst in de sectoren horeca en overige dienstverlening. In de industrie is het aandeel innovatieve MKB-bedrijven minder afgenomen.