In het bedrijvenbeleid van het ministerie van Economische Zaken wordt zowel in het generieke beleid als in het specifieke topsectorenbeleid aandacht aan het MKB besteed. Dit omdat het dynamische en innovatieve MKB een belangrijke rol wordt toegedicht, het MKB een belangrijke economische bijdrage aan de economie levert, en het MKB bepaalde knelpunten vaak sterker ondervindt dan het grootbedrijf. De aparte beleidsaandacht voor het MKB richt zich met name op de terreinen van innovatie en financiering. Van de middelen van het bedrijvenbeleid van het ministerie van Economische Zaken komt naar schatting twee derde ten goede van het MKB. Dat is exclusief de (extra) Zelfstandigenaftrek; als die in de berekening meegenomen wordt stijgt dit percentage naar 85%. Naast het innovatie-instrumentarium zijn hierbij de financiële - en garantieregelingen meegenomen. Van de drie nader beschouwde regelingen komt naar schatting meer dan 50% (TKI/MIT), 72% (WBSO) en 92% (GO) van het beschikbare budget bij het MKB terecht. Dit blijkt uit onderzoek van Panteia.

In generiek beleid met name aandacht voor het MKB bij innovatie en financiering
Het generieke bedrijvenbeleid betreft fiscale maatregelen die R&D stimuleren waarvan ook het MKB gebruik kan maken (WBSO, RDA, Innovatiefonds MKB+), vermindering van regeldruk en meer gemak met regels door o.a. de inzet van ICT, krediet- en garantiestellingen voor het MKB en ondersteuning van startende exporteurs op nabije markten. Dit beleid is erop gericht om bedrijven te laten innoveren, investeren, groeien en exporteren. Speciaal voor het MKB zijn de volgende acties in gang gezet. In 2014 is een aanvullend actieplan voor MKB-financiering uitgerold. In 2013 en 2014 is de eerste schijf van de WBSO verlengd en is in het Innovatiekrediet de minimale projectomvang verlaagd van 3 naar 1,5 ton om R&D door MKB-bedrijven te stimuleren.

Aparte innovatieregeling voor het MKB in het specifieke topsectorenbeleid
In het specifieke topsectorenbeleid worden in publiek-private samenwerking tussen bedrijfsleven, overheid en kennisinstellingen sectorale agenda’s opgesteld gevolgd door actieplannen op het gebied van innovatie, onderwijs en arbeid, internationalisering en regeldruk. Om het MKB meer bij de innovatieplannen en –activiteiten van de topsectoren te betrekken is in 2013 de MKB-Innovatiestimulering Topsectoren, in kort de MIT-regeling van start gegaan. Binnen de topsectoren spelen de Topconsortia voor Kennis en Innovatie (TKI’s) een centrale rol. De TKI-toeslag is ingevoerd om bedrijven aan te zetten om mee te doen aan de TKI’s. Voor de eerste 20.000 euro is de toeslag 40% (i.p.v. 25%), en sinds 2014 kunnen ook de ‘ín kind’ bijdragen van bedrijven meetellen voor de toeslag zodat het MKB gemakkelijker betrokken kan worden bij de TKI’s. Daarnaast hebben de TKI’s een MKB-loket en zit in ieder topteam een MKB-ondernemer.