De laatste jaren investeert het MKB minder in innovatie. Voordat de kredietcrisis begon lag het aandeel innovatieve MKB-bedrijven nog ruim boven de 60%, vanaf 2008 nam dit aantal af. In 2012 was er een licht herstel, waarbij 58% van de MKB-bedrijven aan innovatie deed. Daarna daalde dit aantal weer, tot 45% in 2014, het laagste niveau sinds het begin van de metingen.

De ontwikkeling van de innovatieresultaten over een langere periode suggereert een positief verband met de conjunctuur, vooral vanaf 2006. Bij een opgaande conjunctuur zien we meer innovatie-uitgaven, bij laagconjunctuur juist minder. De meerderheid van de ondernemingen kiest bij laagconjunctuur voor bezuinigingen en verbetering van efficiency om tegenvallende resultaten op te kunnen vangen.

Het gebruik van externe kennisnetwerken door MKB-bedrijven stijgt wel. Lange tijd was dit aantal vrij stabiel, ruim 40%. Vanaf 2012 stijgt dit aantal, tot 52% in 2014. De uitgaven voor innovatie blijken sterk afhankelijk van de conjunctuur. In 2007 bereiken zowel de conjunctuur als de innovatie-uitgaven van het MKB het hoogste punt. Met de intrede van de kredietcrisis in 2008 nemen beide sterk af. In 2010 en 2011 stijgen beide weer, gevolgd door een tweede dip in 2012-2013. In 2014 beweegt de conjunctuur weer in licht stijgende lijn, ook neemt het percentage bedrijven toe dat zegt het komende jaar zeker te zullen investeren in nieuwe producten en diensten en/of in procesvernieuwing of –verbetering.

Het grotere MKB scoort op alle innovatie-indicatoren hoger dan het kleinbedrijf. Dit verschil is te verklaren uit het verschil in product en markt: het kleinbedrijf is veel vaker te vinden in sectoren met een relatief laag innovatieprofiel zoals detailhandel, horeca en persoonlijke diensten, en in lokale of regionale markten.